Все девушки знают главное правило макияжа: на лице надо выделять либо глаза, либо губы, но не все вместе. Информационным дизайнерам тоже стоит держать в голове этот принцип.
Если нужно показать отдельные точки, то стоит приглушить линии. А если хочется обратить внимание читателей статьи на общую закономерность, то точки можно сделать гораздо мельче и светлее, разместив их под хорошо заметными линиями.

И в любом случае стоит поработать над уменьшением визуального «мусора» — мешающих восприятию обводок, неаккуратных обозначений на шкалах графика и т.п.

Иногда улучшению восприятия помогает изменение масштаба. Например, на этом графике точки перестанут «склеиваться», если растянуть его по горизонтали.