В данном случае колонцифра располагается слишком близко к номерам сносок, да еще и лежит
с ними на одной оси. Это приводит к слабому контрасту между номером страницы и номерами сносок. В результате блоки сливаются.

Проблема исправляется увеличением контраста между элементами. Например, можно поднять нижнюю границу блока со сносками или разнести элементы по разным осям.